，要他今后
言行多加注意。孔融回
曹操
信，表示要同郗虑“修好如初”，并说将对曹操“苦言至意，终身诵之”。孔融降低调门，事情得以暂时平息。
年后，孔融重新被任命为太中大夫。但其本性不改，甚至变本加厉地同曹操作对。建安十三年（208），孔融当着孙权使者面诽谤曹操。曹操正准备以武力南征荆州，孔融却说“文德以来之”，要曹操施行礼乐教化以使南方敌人自动前来归顺。对于这些言论，曹操终于再也不能容忍。他起用郗虑为主管弹劾、纠察御史大夫，郗虑立即收集孔融些言行以“构成其罪”，并让路粹上表启奏，表文中说孔融“招合徒众，欲规不轨”，“谤讪朝廷”，“大逆不道，宜极重诛”。表章奏上，曹操立即下令将孔融逮捕处死。
孔融有男女两个孩子，男孩九岁，女孩七岁。当孔融被抓时，两人正下棋，竟然端坐不动。旁边有人问道：“父亲被抓而不起身，这是为什
呢？”
回答说：“哪里见过巢毁而卵不破事情呢？”
意思是父亲死，他们肯定也是躲不过这劫。有人将这事报告曹操，曹操唯恐留下祸根，于是又下令将两个孩子也杀。两个孩子临刑时，面不改色，镇定自若，周围人看，无不为之感到悲痛。
孔融被杀后，些人或为之感到惋惜，或为之抱不平，时间议论纷纭。为缓和社会舆论，曹操又下令，宣示孔融罪状：
太中大夫孔融既伏其罪矣，然世人多采其虚名，少于核实，见融浮艳，好作变异，眩其诳诈，不复察其乱俗也。此州人说平原祢衡受传融论，以为父母与人无亲，譬若缻器，寄盛其中，又言若遭饥馑，而父不肖，宁赡活余人。融违天反道，败伦乱理，虽肆市朝，犹恨其晚。更以此事列上，宣示诸军将校掾属。皆使闻见。
令文不再提孔融“图谋不轨”事情，而只说他不讲孝道“败伦乱理”之言。汉末由于黄巾起义冲击，传统儒家思想削弱禁锢人心力量，孔融又是个喜欢放言高论人物，说过这样话是完全可能。但这并非孔融独创之意，在这之前，王充在《论衡·物势》中就已说过这样话：“夫天地合气，人偶自生也；犹夫妇合气，子则自生也。夫妇合气，非当时欲得生子，情欲动而合，合而生子矣。”但两汉标榜以孝治天下，其余风犹炽，孔融素来又以孝著称，这里公布其“不孝”罪状，显然是包含着“以其人之道还治其人之身”用意。孔融本来忠于汉室，杀他却以其“图谋不轨”为由，也包含着罗织罪名以击其要害用意，反映出曹操用心险恶
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