还是柯达胶片，加上当时数字技术局限，其成果还存在许多不足，不能满足高质量敦煌数字档案要求。2006年4月，敦煌研究院数字中心成立，吴健、刘刚和孙志军带领自己团队，继续外引内联，与国内外合作，经过持续不断试验、探索和研究，共同持续攻克
建立敦煌数字档案工作中遇到
个个技术难题。例如，在复杂洞窟环境中，如何在图像采集过程中精确地打光，是项技术难点。如果不能做到精确，由于光源误差，将造成照片色彩不统。为增强采集图像综合质感，又不伤害壁画，
们不断地探索改进摄影照明方式。最初使用排灯直射，后改用直射式柔光箱，最后应用自主设计反射式柔光箱，并采用标准色温（5500K）冷光源照明系统，保证图像采集色彩质量，最大限度地保护洞窟壁画。经过反复尝试，敦煌研究院数字中心终于摸索出套灯光及色彩管理系统。
针对在轨道上手工移动相机不稳定从而影响采集图像质量问题，们不断进行着试验和改进。目前已成功研制出四种规格壁画自动采集轨道系统，可支持不同大小、不同形制洞窟摄影采集。轨道系统既能适应不同拍摄环境，又能准确控制相机移动，可从下至上、从左至右逐层逐幅地取得稳定、致、相邻重合度高图像，确保原始摄影数据准确性，提高壁画摄影采集效率。
如何控制图像拼接产生形变，同样也是项技术难点。图像形变直接影响数字档案质量。为精确控制图像形变，工作人员试验并总结基于三维点云图像定位纠正测量技术，利用三维激光扫描仪，获取洞窟密集而精确三维点云数据，取得没有形变强度图像，再运用定位与纠正技术对拼接后图像进行畸变纠正处理，使拼接图像达到毫米级拼接精度。
随着数码相机像素逐渐提高、镜头成像能力逐渐增强，计算机软硬件更新换代，存储能力逐渐扩大，为满足高质量敦煌数字档案要求，采集精度也不断提高，从75DPI提升至150DPI，又进步提升为300DPI。从75DPI提升到300DPI是什
概念呢？以1平方米壁画为例，用75DPI分辨率拍摄只要两张，用300DPI拍摄话要60—70张，拍摄和后期图像拼接工作量大幅度增加。当影像品质达到300DPI后，意味着技术工作要求增加到难以想象程度。从无到有，这项工程艰难而又曲折。仅2013年年中完成27个洞窟数字化工程，就包括至少10万张照片，它们都是由数字中
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