小船不断袭扰湘军水师，使其日夜不得安宁。太平军天天“用小船百余号，或二三只一联，或五只一联，堆积柴草，实以硝药，灌以膏药，分十余起纵火下放，炮船随之；两岸出队千余人，呼声鼎沸，兼放火箭、火球”(5)，对湘军水师实施火攻。虽然由于湘军防备甚严，未能取得多大战果，但是不能不“彻夜戒严，不敢安枕”(6)。湘军屡胜之后，已生骄气；屡被袭扰而又求战不得，又生躁气；骄而且躁，遂令太平军有可乘之隙。
湖口之所以得名，是由于它地处长江与鄱阳湖的唯一交汇口。一边是宽阔的长江，另一边则是广袤的鄱阳湖。两水之间，是一个狭窄的交汇口，只有小船轻舟能够通过。十二月十二日，太平军利用湘军水师急于求战的心理，再次用小船袭扰的方式，把湘军惹得火起。水师营官萧捷三等贸然率舢板等轻舟一百二十余只，载兵两千，冲入湖内，企图肃清鄱阳湖内不断跑出来袭扰的太平军战船，太平军抓住机会，塞断湖口水卡，修筑工事，安装大炮，将这一百二十多条船死死地封锁在湖内。
从此湘军水师被肢解为外江和内湖两部分，百余“轻捷之船”，两千“精健之卒”，陷于鄱阳湖内；外江水师只剩下运转不灵的大船，“多笨重船只，运棹不灵，如鸟去翼，如虫去足”，丧失了作战能力，陷于被动挨打的局面，战争的主动权也就随之转移到太平军手中。(7)
太平军从容地对湘军水师发动了更大规模袭击。一天晚上，一片漆黑，咫尺莫辨，太平军分别从九江与小池口抬出小船三十艘放入江内，携带各种火器，钻入湘军大船船队放火。湘军水师顿时大乱，纷纷逃窜，船只损失无数。曾国藩坐上舢板督阵，不许船只退却，也毫无作用。其情形如同靖港之再现。
更严重的是，曾国藩自己的座船也被太平军攻占俘获，曾国藩管驾官、监印官全部死亡，船上存放着他带兵历年以来的重要文件以及书信日记，至此“文案全失”。连皇帝赏赐他的白玉四喜扳指、白玉巴图鲁翎管、玉靶小刀、火镰等东西，都成了太平军的战利品。连曾国藩自己也差点成了太平军的俘虏，他在太平军逼近的关键时刻投水z.sha，幸被救起。
曾国藩遥望江内船只纷纷溃逃，念及自己花费数年心血惨淡经营起来的水师竟遭如此下场，羞愤难当，遂欲效仿春秋时晋国大将先轸的榜样，策马赴敌而死。慌得罗泽南、刘蓉等人紧紧抓住马缰，好一番拉扯劝解方始罢休。
屋漏偏逢连阴雨，不久，留在九江的杨载福水师又遭到风灾袭击，四十条船被完全毁掉，剩下七十多条也破烂不堪，不能使用。这
