用天然土坡垒成周围达120里的外城,幕府山、钟山、雨花台等重要山峰都被包括在内。皇城作正方形,内有宫城。一条中轴线自南向北贯穿全城,所有的宫殿和官府都沿着这条线结合在一起。并在全城中心的一个高40米的地方设钟楼和鼓楼,按时击打,用来报时。
明成祖迁都北京后,南京政治地位下降,但经济文化仍十分繁荣。当时人说:“天下财富出于东南,而金陵为其汇。”纺织、印刷、造船等手工业在全国屈指可数。商业繁盛,城内外有10几个大集市。秦淮河商船云集,夜晚灯火如同星河。南京成贤街的国子监一般有数千名学生,为全国数一数二的最高学府,日本、高丽(朝鲜)、暹逻(泰国)等国留学生也在这里学习。一直到清代,南京仍为江南重镇。1851年太平天国起义后,也以此为都城,固守南京11年。