桓温命侍御史、殿中监率卫兵百人送司马奕归东海第，又亲率百官准备
乘舆和法驾，迎琅琊王司马昱于琅琊府邸，司马昱至此也只有当此大任，入朝堂更换服饰，著平巾帻、单衣，向东垂泪，拜受玺绶，是日，即皇帝位，改元咸安。
桓温居台城中堂，分兵屯卫，以确保建康城稳定，午后，桓温入太极殿拜见新君司马昱，桓温近年来患有痛风之疾，病足，不能疾走，司马昱诏谕桓温乘舆入殿，桓温事先撰辞，准备向新君司马昱陈述废帝
本意，是出自
片忠心，没想到司马昱见到他只是流泪，泣下数十行，没完没，这样
道：“高侍中所言极是，若审问时，那三人胡言乱语起来，有损皇室体面，不利于保全皇帝幼子。”
琅琊王司马昱即传令左卫将军殷康，即于廷狱中缢死朱灵宝、计好、相龙三人，至于卢竦及其党羽，要加紧追捕。
司马昱命御史中丞谢安、太子洗马陈操之前往白石迎接大司马桓温入都，十月初丁未日，桓温率步骑三千抵达建康城下，驻兵城外，带三百甲士入城——
己酉日，桓温在台城太极殿西堂召集百官，废立之事，旷代所无，不仅百官震栗，就是桓温自己也是悚动流汗，见于颜色，而且既然要行废立之事，那
也需要定礼仪，大臣中莫有识其典故者。
谢安对桓温道：“公阿衡皇家，当倚傍先代。”乃命人取《霍光传》，礼度仪制，很快就确定下来，谢安朝服当阶，神采毅然，不像其他*员那般脸有惧容，朝堂上文武仪准皆由谢安取定，朝廷上下由此敬服谢安。
尚书仆射王彪之宣崇德太后令，崇德太后诏令就书于桓温奏章之后，令曰：“王室维艰，穆哀短祚，国嗣不育，储宫靡立，琅琊王奕亲则母弟，故以入篡大位，不图德之不建，乃至于斯，错浊溃乱，动违礼度，有此三孽，莫知谁子，人伦道丧，丑声遐布，不可以奉守社稷、敬承宗庙，今废奕为东海王，还其旧第，供卫之仪，皆如汉朝昌邑故事，以丞相、录尚书事琅琊王昱统承皇极。但未亡人不幸，罹此百忧，感念存没，心焉如割，社稷大计，义不获已，临纸悲塞，如何可言！”
百官皆泪下沾襟，桓温亦汗湿后背，兢惧不已。
百官入太极前殿，散骑常侍刘享收取废帝司马奕玺绶准备转献新君。
废帝司马奕披头散发，身穿白袔单衣，走出西堂，乘小牛车出神虎门，百官拜辞，莫不流涕。
桓温心道：“司马奕只是个昏君，
废他竟也招惹这多眼泪，可见晋祚尚不能绝，若仓促禅位自立，必致朝臣激烈反对，祸不可测，陈操之以魏武、晋文之事说，此诚深谋远虑也。”
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