6年5月3日,他给杜鲁门总统写封信,表面上他是在解释自己决定,然而他真实意图是挑战杜鲁门进行该项实验全部理由。他首先简述自己“疑虑”,并声称在科学家中这些担心哪怕“不是人人都有也极其普遍”。其次,他以令人震惊推理过程彻底推翻整个比基尼核试验计划。他认为,如果像所说那样,试验目是确定核武器在海战中威力,那答案显而易见:“如果颗原子弹离艘船足够近,哪怕是艘主力舰,它也能将其击沉。”只要确定炸弹需要离船多近就可以,这完全可以从数学计算中推导出来。计划中核试验随随便便就可能花掉1亿美元,奥本海默解释说:“花不到百分之费用就可以获得更多有价值信息。”
同理,如果这项试验是想获得核辐射对海军装备、补给和动物影响科学数据,那通过“简单实验室方法”可以更便宜、更准确地获得这些信息。奥本海默写道,该项核试验支持者认为:“们必须为可能发生核战争做好准备。”但是,如果这是该试验背后真正目,那肯定每个人都明白“轰炸城市才能体现出核武器巨大威力”。相比之下,“详细测定核武器对海军舰艇破坏力似乎无关紧要”。信中最后提到点无疑是奥本海默表示反对最主要原因,他质疑“在们积极消除国家核军备计划刚刚起步时,进行纯粹军事核试验是否合适”。(比基尼核试验几乎是与巴鲁克在联合国演讲同时进行。)
奥本海默最后说,他本可以接受总统委托,实地考察比基尼核试验,但或许总统会认为“在试验结束后提交份批评整个试验报告是非常不合时宜”。他写道,在这种情况下,也许他能在其他地方更好地为总统效劳。
如果奥本海默认为他信可以说服杜鲁门推迟或取消比基尼核试验,那他就错。总统并没有关注奥本海默信中异议,而是想起他与奥本海默第次会面。这封信冒犯杜鲁门,他把它转交给代理国务卿迪安·艾奇逊时还附上份短笺,他称奥本海默就是那个“哭哭啼啼科学家”,之前他还声称自己双手沾满鲜血。他还写道:“认为他在这封信中为自己编造个托词。”杜鲁门误会。奥本海默信实际上是份个人独立宣言,通过这封信,他进步与美国总统划清界限。
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