威尔逊回忆说：“他经常抱怨他
电话被监听
。”当时，威尔逊认为他这
想“有点儿像偏执狂”，直到后来他才意识到奥本海默确实
直处于近乎全面监视之下。
早在1943年3月洛斯阿拉莫斯投入使用之前，美国陆军反情报部门就指示J.埃德加·胡佛暂停联邦调查局对奥本海默监视。3月22日，胡佛下令停止对奥本海默监视，但他又指示他在旧金山特工们继续监视**党内部可能与奥本海默有联系人。就在当天，军方通知联邦调查局，他们安排对奥本海默全天候技术和人身监控。甚至在奥本海默抵达洛斯阿拉莫斯之前，美国陆军反情报团大量军官就已经被派去执行秘密任务。其中名特工名叫安德鲁·沃克，他被指派为奥本海默私人司机兼保镖。沃克后来证实，陆军反情报团军官对奥本海默邮件和他住宅电话都进行监控。奥本海默办公室也装有窃听装置。
与此同时，奥本海默自己也越来越有安全意识。这位过去不拘小节大学教授，现在会小心翼翼地将机密备忘录别在自己后裤兜里以防丢失。他甚至还会去安抚军队安全*员，他不仅为他们花费自己宝贵时间，还几乎答应他们所有要求。但工作压力、被时刻监视感觉、对失败恐惧都开始给奥本海默带来负面影响，而且他要面对还不止这些。1943年夏，奥本海默向罗伯特·巴彻承认他正在考虑辞职，他觉得对他过去调查使他不堪其扰。此外，他还告诉巴彻，这份工作压力实在太大。在听完奥比列举自己种种不足之处后，巴彻只说句：“除你，没人能胜任这份工作。”
于是奥本海默坚持下来，但是在1943年6月，他做件明知会引起陆军反情报团*员担忧事情。尽管奥本海默和姬蒂已经结婚，但在1939—1943年，奥本海默每年都要见琼·塔特洛克两次左右。他后来解释说：“
们曾经非常亲密，当们见到彼此时，仍然有很深感情。”他和琼在1941年新年前夜见过面，他们偶尔还会在伯克利聚会上遇到对方。奥本海默也去过琼公寓和她在儿童医院办公室，她是那所医院精神科医生。有次，他到琼父亲家去看她，那里离他位于伊格尔希尔寓所很近。还有次，他们在“马克顶楼酒吧”喝几杯，这家高雅餐厅是眺望旧金山美景绝佳地点。
在这几年间奥本海默是否和琼旧情复燃无从考证，唯确定是他们仍会见面，而且两人之间情感联系也从未终止。1940年奥本海默和姬蒂结婚后，琼到旧金山老友伊
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