守派开始反攻时，奥本海默深知他
政治活动可能给大学声誉造成影响或有潜在影响。事实上，1941年春，他向加州理工学院同事威廉·福勒透露：“
可能会失业……因为下周加州大学将因激进主义活动接受调查，而调查委员会成员都来者不善，他们可不怎
喜欢。”
“加州大学是
个很惹眼目标，”奥本海默以前研究生马丁·D.卡门说，“奥本海默非常引人注目，因为他经常直言不讳，也非常活跃。偶尔他也会对自己处境有些担忧，甚至不得不暂时收敛起来，沉默段时间。然后，旦再有什事情激发
他……他就又变得活跃起来。所以他也是起起伏伏。”
希瓦利埃断言奥本海默在1940年时仍同情**党，但是其他朋友发现此时奥本海默对苏联幻想破灭。1938年，美国报纸直在报道由斯大林发起针对苏共内部数千名所谓叛国者政治迫害。“读过对苏联肃反运动中那些审判报道，虽然不是很详细，”奥本海默在1954年写道，“所有人都在谴责苏联体制。”他朋友希瓦利埃在1938年4月28日《工人日报》上欣然签署份声明，称赞苏联当局对托洛茨基和布哈林派“叛徒们”审判，而奥本海默从没有为斯大林滥杀无辜肃反运动辩护过。
1938年夏，在苏联待过几个月物理学家乔治·普拉契克和维克托·魏斯科普夫到奥本海默位于新墨西哥州牧场拜访他。在接下来周里，他们就苏联局势进行几次长谈。“苏联可不是你想那样。”他们告诉起初“满腹狐疑”奥本海默。他们谈到奥地利工程师亚历克斯·韦斯伯格案子，他是名**党员，仅仅因为与普拉契克和魏斯科普夫有联系而突然被捕。“这绝对是次让人不寒而栗经历，”魏斯科普夫说，“们打电话给们朋友，他们都拒绝承认认识们。”魏斯科普夫告诉他朋友：“情况比你想象还要糟糕，简直是深陷泥沼。”奥本海默追根究底地问些问题，显然他们讲述让他非常不安。
16年后1954年，奥本海默对审问他人解释说：“他们描述在看来非常可靠、冷静理智又真实，给留下极其深刻印象；即使从他们有限经验来看，苏联也到处都在进行肃反运动，笼罩在恐怖之中……”
然而，似乎没有理由认为仅凭斯大林滥用权力消息，奥本海默就会改变自己原则或者不再同情美国左派。显而易见，正如魏斯科普夫记得那样，奥本海默“仍然对**主义充满信心”。他信任魏斯科普夫。“他对感情深厚，”魏
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