由于在合作挖掘化石时中美签
合同规定，在周口店发掘所有化石都是中国财产，禁止运送出境。所以当时美国公使馆人拒绝接收。
后经国民z.府协调，远在重庆美国驻华大使同意并授权，驻北平美国公使馆才接收这批珍贵古人类化石，并准备将其安全运往美国保存。
1941年12月5日凌晨，
列美海军陆战队专列驶出北平，按计划列车到秦皇岛后，化石运到“哈利逊总统”号轮船，然后运往美国。
只是很不幸是，就在海军陆战队准备启程回美国时候，日本人偷袭
珍珠港，太平洋战争也由此爆发，日军迅速占领美国在华机构，美海军陆战队在秦
联合起来，对周口店北京人遗址，进行大规模发掘工作，当时初冬天，青年古生物学家裴文中发掘过程中，突然看到个小洞，洞口裂隙窄得只容人出入。
为探明虚实，斐文中孤身人进入到山洞里，意外发现在洞中有许多动物化石，经过天发掘，震惊世界考古发现，终于出现。
当时天色已经黑，但是挑灯坚持挖掘斐文中，发现个猿人头盖骨，当时这头盖骨半还在土里，经过小心细致挖掘，第个北京人头盖骨终于完全出土。
当时裴文中亲自坐着汽车，用他自己两床被子和褥子、毡子，包着这稀世珍宝护送到城里。
1936年时候，贾兰坡又先后在猿人洞发现三个“北京猿人”头盖骨化石，前后共出土头盖骨6具、头骨碎片12件、下颌骨15件、牙齿157枚及断裂股骨、腥骨等，分属四十多个男女老幼个体。
北京人遗址及化石发现，是世界古人类学研究史上大事，迄今为止，还没有哪个古人类遗址像周口店北京人遗址这样拥有如此众多古人类、古文化、古动物化石和其它资料。
北京人化石就此成为世界科学界众所瞩目稀世瑰宝，虽然不是最早人类，但作为从猿到人中间环节代表，被称为“古人类全部历史中最有意义最动人发现”因此，“北京人头盖骨”珍贵可想而知。
但是，也正由于这样，它也成为些投机商和帝国主义者所觊觎对象，裴文中等发掘出来五个北京人头盖骨和批化石，在抗日战争期间竟然奇怪地“失踪”。
1941年时候，日美关系日趋紧张，在当时被日军占领北平，日军开始占领中立国美国驻北平些机构。
存放和保管北京人头盖骨化石北平协和医院虽属美国财产，但当时也难以幸免。在这种情况下，新生代研究室决定为北京人化石找个更为安全存放地点。
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