这种对峙之中，袁世凯当然不肯退缩，他
不做二不休，直接找到王芝祥，将未经过唐署名
委任状交给王芝祥，派王芝祥赴南京遣散军队。同时，又给
王芝祥笔不小经费。王芝祥接受命令，很快去南京上任。王芝祥这走，让唐绍仪颜面顿失，威信扫地。《临时约法》副署制度是内阁特权，也是责任内阁主要标志，副署制度遭到破坏，关系到内阁职权和信誉，也关系到民国法制。唐绍仪气愤难平，不辞而别去天津称病不出。袁世凯看这下事闹大，只好派段祺瑞、梁士诒赶至天津，好言劝慰唐绍仪复出。唐绍仪坚持要求辞职。袁世凯无奈，只好同意唐绍仪辞去总理职，聘请他出任高级政治顾问，并在其辞职书上颇动感情地写道：
该总理于共和宣布以前，南京奔驰，为民国效劳甚至。及就任总理，经营擘画，错节盘根，困苦艰难，非可言喻。民国草创，正赖长才，岂容听其退休，失慈臂助。特以情词恳挚，出于至诚，不得不谅其苦衷……免国务总理本官，任为高级政治顾问。仍望趁此宽闲，勉自调护，以养疴之余暇，备政治之谘询，将来倚重正多，当有以副国民之望。
从文中可以看出，袁世凯似乎对唐绍仪退出，无限眷念，表之切切。当然，对于政治家来说，这样批文是否是其内心真实想法，又是另外回事。
国民z.府刚刚成立，就发生总统与总理冲突导致总理称病辞职事件，可想而知所引起轩然大波。唐绍仪辞职之后，袁世凯考虑再三，他先是想让宋教仁出任总理，但宋教仁不为所动，心想着组成政党内阁。同盟会很快作出决议，要求全体盟员退出内阁；张耀曾、李肇甫等人代表同盟会面见袁世凯，提出不参加混合内阁，建议组织党内阁或者无党派内阁。袁世凯不同意。于是，宋教仁辞去农林总长职务，蔡元培也辞去教育总长职务，至于另个总长陈其美，因为直未来北京就职，也谈不上辞职，代替他执行职务次长也辞职……宋教仁辞职后，移居在京郊农林实验场，全身心致力于把同盟会改组成国民党。在此期间，袁世凯派人给宋送去五十万元。宋教仁写封感谢信，拒绝袁世凯好意。
在随后《z.府公告》中，袁世凯通电全国，重复他政治观点：以现在中国情况，两种内阁都不适合，如专取共和党或同盟会或超然无党派之人组织内阁，任何方均不能得许多人才，所以，以
之见，不联合数党及无党派人士共同组织，就不能成完美内阁。袁世凯声称：余主义在于得人，但问其才不才，不论其党不党，余之主
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