乳汁（可作为抗酸剂）后，
些位于婴儿嘴唇、口腔或者母亲乳头细菌，会在乳汁保护下安全通过胃部。这些大胆冒险者将在婴儿肠道黏膜内大量繁衍生息，形成新殖民地，同时期盼着乳汁营养，并等待其他微生物同伴到达。如果条件适宜，即使只有少量细菌通过每40到60分钟分裂次速度繁殖，也能夜之间生成数十亿甚至数万亿。
直到上世纪90年代中期，人们都认为大部分体液是无菌。个马德里团队宣布从健康人乳汁中培养出
细菌时，还受到人们嘲笑。[5]现在
们知道乳汁中含有几百种细菌，但仍然不知道它们是如何出现。们不确定哪个身体部位完全无菌——即使是子宫和眼球。而且细菌可能会在人们毫无察觉情况下四处迁移。[6]下次上厕所时候，想想排泄物中几万亿细菌。你冲走那坨里，细菌几乎占半重量。
尽管出生时们都是无菌，但这状态只持续几毫秒。细菌定植过程并不是随机，而是在几百万年时间里，经过周密安排和精细调节而形成。事实上细菌和婴儿共生共荣。对细菌和人类微妙共同演化来说，至关重要首个细菌定植不能全凭运气。所有哺乳动物，还有研究许多其他动物，比如青蛙，都会将精心挑选微生物传到后代身上，这样过程至少已有5000万年历史。演化就这样帮助微生物从代传到另代，而们每个人体内独特微生物菌落就这样形成。
多样微生物花园
土壤、灰尘、水和空气中有几万亿微生物包围着们，但它们对去新生儿体内生活兴趣寥寥。它们没有演化出相应机制在人类体表或体内存活并获得所需营养。因此人体内细菌是高度专门化，有着削减过基因，以确保没有冗余、与人类宿主重叠机制。人类与体内微生物共享38%基因。鉴于微生物从亲代传到子代现象在动物中非常常见，它对们健康肯定意义重大。[7]
女性旦怀孕，身体就开始做准备，以便通过这些特殊微生物基因传递，尽可能帮助后代生存。孕妇体内相关基因被激活，启动系列预先设定好变化过程，以确保特定激素在调控代谢和热量摄入时保存能量，在乳房和臀部囤积脂肪，增加血糖水平，储备乳汁。控制免疫系统白细胞也发生改变，因为免疫系统必须识别母体内异物——胎儿——而不发生排异反应。母亲体内微生物也发生改变，等着被传到婴儿体内并伴随他成长。这些微生物变化作用巨大。
研究者把孕妇大便接种到无
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