朝廷怀疑他权力太大
抑制措施。他在同治三年三月二十二日日记中说：
酉刻，与纪泽儿
谈出处进退之道。……日内郁郁不自得，愁肠九回者，则以饷项太绌，恐金陵兵哗，功败垂成，徽州贼多，恐三城全失，贻患江西；则以用事太久，恐中外疑
擅权专利。江西争厘之事不胜，则饷缺兵溃，固属可虑；胜则专利之名尤著，亦为可惧。反复筹思，惟告病引退，少息二三年，庶几害取其轻之义。若能从此事机日顺，四海销兵不用，吾引退而长终山林，不复出而与闻政事，则公私之幸也。(40)
这天他罕见地与儿子纪泽谈到出处进退之道，为大功告成之后仕途选择做准备。他说，争饷事导致他愁肠九回，与沈葆桢争执如果不胜，则怕缺饷导致功败垂成；如果获胜，则自己手握重权太久，已经导致朝廷和各省怀疑擅权贪利，此时更加令各处怀疑自己过于专权霸道。反复思考，只有个办法，那就是告病请退，回家休息二三年。如果太平天国战争顺利结果，他终老于山林之中，不再复出，那
对公家，对个人都是幸事。
朝廷虽然偏袒沈葆桢，但曾国藩说金陵如果饷银不继恐怕决裂话，对朝廷当然也不是没有震慑作用。所以数日之后，朝廷又发来道公文，将李泰国所购轮船退款五十万两拨归曾国藩使用。“以金陵功在垂成，而饷需短绌，竭力筹济，以期迅速蒇事。着即照所请，将该衙门总税务司赫德所呈上年奏拨轮船回国经费等项银五十万有奇，如果均系实存，即全数拨归曾国藩军营充饷。”(41)
五十万两轮船退款中二十万两尚存上海、九江等关，可以立刻提取。此外，曾国藩还得到李昭寿捐款三十万串，乏饷问题才基本解决。(42)但是曾国藩却已经明确
将来功成身退想法，为将来裁撤湘军埋下伏笔。
对于沈葆桢忘恩负义，曾氏大营所有人都义愤填膺，他们纷纷说，如果朝廷设个“绝无良心科”，沈定取得第名。曾沈二人至此也彻底决裂，形同陌路，多年不通音信。直至1867年沈葆桢出任福建船政大臣时才又有偶尔联系，但书信疏淡，门面敷衍而已。
军饷问题暂时解决，但是曾国荃还是拿不出什可以迅速攻下南京办法，曾国荃情绪焦躁，因为常常生气，身体越来越差，“肝病已深”(43)。给曾国藩书信中也常有“词气戆激”。
曾国藩封又封地写信劝慰曾国荃，要求他放宽心胸，不要把得失看得那样重。曾国藩说，天下气运，自有天意做主，像攻下南京城这样重要历史节点，时间掌握在上天手里，而不是
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