但也有不少关心陕西安危
元勋功臣，他们都认为哈密得失关系着西北安定，西北安定则关系着这些元勋功臣们家乡桑梓安全。
勋臣们政治能量可比那些科道言官强大太懂
，李来亨得到众多陕西籍勋臣背书支持，底气十足，立即便诏令以刘芳亮为征虏大将军，代替因为伤兵回京郭君镇出镇甘肃，开始部署收复哈密作战。
叶尔羌汗国此时已经陷入严重教派斗争，早在阿布都克里木汗时期，天方回教“和卓”
派即开始进入叶尔羌汗国。
阿布都克里木汗之子马黑麻汗继位以后，黑山派和卓受到汗王大力支持，这教派在叶尔羌汗国内迅速发展。稍后，白山派也进入该国，要求分享黑山派权力。两派之间矛盾越来越尖锐，甚至发生血腥厮杀。
后来黑山派拥立伊思玛业勒为叶尔羌汗。伊思玛业勒汗镇压白山派，白山派首领阿帕克和卓经克什米尔逃往西藏，达赖随即将阿帕克和卓献于顺朝。
部，闻此噩耗，无不为之震惊非常。
准噶尔部首领僧格台吉也抓住这个机会，以共同对抗顺军扩张为由，强化卫拉特联盟之间关系，而准噶尔部和留在天山带和硕特残部，为争夺卫拉特联盟最高领导权，其斗争也达到白热化程度。
最终准噶尔部与和硕特残部兵刃相见，大战场后，和硕特残部被完全击败，准噶尔部顺利实现对西蒙古诸部统整合，实力大为上升。
然而部分被僧格台吉击败和硕特余部，经由叶尔羌汗国占领哈密地区，逃奔嘉峪关投奔顺朝。
其时征虏大将军郭君镇已经因病回京，时任西北经略使周祚鼎即决定收纳这些和硕特部败兵，于是命制将军马科、赵自牢领兵出嘉峪关迎接和硕特部败兵。
征虏大将军刘芳亮得此奇货可居以后，便命令制将军赵自牢、
结果顺军刚出嘉峪关，进入哈密地界不久，即遭到叶尔羌汗国兵马袭击。此前和硕特败兵穿过塔里木盆地东奔时，已经和叶尔羌汗国发生许多冲突。
现在叶尔羌汗国准备兴兵击灭这些和硕特部残兵，竟然连同顺朝军队起攻击。
马科、赵自牢随即奋兵反击，昼夜苦战，由于不熟悉西域地理环境，顺军损失很大，沿途因饥饿干渴而死人，竟然有上千人之多，付出很大代价才顺利带着和硕特余众撤入关内。
哈密之败，再次引爆顺朝朝堂之上舆论争议。
许多大臣都认为西域得失，于中原无关，不应该白白耗费这样多力量去同准噶尔部、和硕特部争夺西域，还上书称哈密之败是因为天心厌战，是上天在警示大顺不能再继续穷兵黩武下去。
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