1、为了取得波西米亚（Bohemia）公国的资源，获取更大的利益，教皇厅和格马尼库斯（Germanicus）王国打算入侵波西米亚。身为阿尔比恩（Albion）女王的艾丝缇，为了阻止这项阴谋而介入其中。她提议在布拉格（Prague）召开由当事国参加的国际会议，并决定亲自参加。为了阻止艾丝缇的行动，教皇厅和格马尼库斯派出了众多刺客企图暗杀她。在教皇厅的极端分子所积极策划这场阴谋背后，蔷薇十字骑士团和该隐也涉足其中。
2、另一方面，亚伯和以恩正在追踪一批从维特（Vitter）岛被盗走的神秘资料，两人朝波西米亚公国进发。为了寻找线索，他们假扮成布拉格某所大学的老师（亚伯）和学生（以恩），展开了调查。
3、亚伯察觉到暗杀（艾丝缇的）阴谋以及该隐的策略，于是打算帮助艾丝缇从布拉格脱出。但是卡特琳娜认为，这是向全世界揭露蔷薇十字骑士团的存在的绝好机会，因而没有听从亚伯的请求。此时的卡特琳娜已身患胶原病而时日不多，对她而言，这是消灭骑士团的最后的机会。同时，她对亚伯的感情也愈加难以抑制，再加上因亚伯对艾丝缇的关注而产生的嫉妒心，使得她失去了冷静地判断当前局势的能力。
4、最终，亚伯再次离开了AX，决定和以恩一起营救艾丝缇。卡特琳娜被他的行动所激怒，她派遣托雷士和莫尼卡潜入波西米亚首都布拉格，命令他们逮捕亚伯。
5、教皇亚历山卓、日耳曼国王路德威格、阿尔比恩女王艾丝缇以及波西米亚的里普希夫人(?)正在进行紧张的谈判。与此同时，亚伯决心对抗由弗兰契斯柯的异端审问局所派出的刺客朱迪丝修女和骑士团所派出的艾丝缇暗杀团。但是，他遭到了受命于卡特琳娜而前来逮捕他的托雷士和莫尼卡的阻挠，亚伯阻止暗杀行动的计划失败了。当艾丝缇陷入危机就快被朱迪丝修女杀死时，教皇亚历山卓冲上前挡下了这致命一击。艾丝缇虽然九死一生，但亚历山卓为了保护她而献出了生命。
6、该隐现身并与亚伯交手，亚伯再次被该隐击败。波西米亚公国因格马尼库斯和教皇厅军队的进攻而灭亡。艾丝缇勉强逃脱，回到了阿尔比恩。
7、得知亚历山卓的死讯，卡特琳娜陷入深深的悲痛和自责中，她的健康状况愈加恶化。此次事件之后，她几乎不在公众场合出现。弗兰契斯柯同样为亚历山卓之死而悲伤，但他很快就宣称自己登上教皇之位，并将为世界以及教皇厅贡献自己的力量。
8、新教皇弗兰契斯柯声称，阿尔比恩女王艾丝缇应对前教皇亚历山卓之死负责。
