：统领之下设提督两员，由黄、李分任；建岳州、汉阳、湖口、瓜州、狼山五镇，设总兵五人；立营二十四个，战船七百七十四号，营官二十四员，哨官七百七十四员，兵士
万二千人。鉴于水师中受赏大衔
很多，而实际营哨官只有八百来名，僧多粥少，不够分配，彭玉麟又想出个点子：以大衔借补小缺。按衔高低排，同衔按资历排。这样排下去，许多衔位高达参将、游击，也只能当千总、把总。虽略觉委屈，他们也乐意。衔是空，职务才是实，千总、把总虽低，总比那些有衔无职要强多
。长江水师原有二万人，彭玉麟对这支人马作整顿。没有战功，疲沓，走私，吸食鸦片，有结党嫌疑，统统予以裁撤。长江水师开始有新气象。曾国藩对彭玉麟整顿完全放心，他自己则把主要精力放在吏治上。
他素来服膺王阳明“破山中贼易，破心中贼难”观点，认为正人心、厚风俗、扭转世风要比破长毛下金陵更难，而世风好坏主要系于当政者。最高当政者以自己人格和才能为表率，默运于渊深微漠之中，慢慢地引起身边人效法，再向全国各级官吏推广，这样就可以形成种强大势力。凭着这股势力，人心可正派，风俗可淳厚。因而，他自己尽量做到以身作则，试图以此来感染身边幕僚们，把他们培养成好种子，撒到两江三省去，影响各府州县官吏，从而逐渐把两江风气扭转过来。为达此目，他自己办事比先前更加勤勉。州县凡命案都要由他最后裁决，又经常派幕僚们下去查访吏治民情。继裕祺之后，又革掉几个民愤很大贪,,g，代之以幕僚中德才兼备者。
这时容闳从海外回来，大批从英美购来机器母机也运到吴淞口。曾国藩大力表彰容闳忠心和才干，并安排他和杨国栋、徐寿、华蘅芳、李善兰等人，在上海筹办机器制造总局，把安庆内军械所大部分机器迁过去，小部分留下，作为上海总局分局。
皇上念及功臣，特为降旨，为曾国藩等候之上褒加“毅勇”二字，曾国荃等伯之上褒加“威毅”二字，李鸿章等伯之上褒加“肃毅”二字，曾国藩心中欢喜。
正当曾国藩为两江振兴而努力时候，清军与捻军交战前线传来令人震惊消息。这个消息打乱他全盘计划，逼迫他不得不重上战场，最终使他由个胜利者变为失败者。
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