第二段剧情是类似于传统迷宫
构造，玩家可以自由选择路线，但最终还是会走到正确路线上去。在成功逃离虫族巢穴之后，主角成功跟小队恢复
联络，得知虫族大军正在源源不断地发动进攻，只有找到巢穴中脑虫位置才能遏制虫族大军。
于是主角再度返回虫族巢穴，最终炸死藏身在地底脑虫，非常惊险地逃出生天。
这次事件之后，主角和小队成员受到表彰，继续执行任务。
时间
晃来到数年之后，在这段时间内，人类不断地扩展实际控制范围，同时拆解零件修复飞船和建造行星发动机任
第阶段剧情最后，主角在探索过程中不断发现更多虫族猖獗活动痕迹，并听从指挥官命令不断探索。但在调查某个可疑地点时候，主角小队突然遇到大量虫族，仓皇之间想要撤退，但虫海已经将他们完全包围。
主角小队在激烈战斗之后，终于杀出条路，与前来接应小队会和，但就在这时，地底下突然毫无征兆地钻出来条沙虫，下子咬住主角左臂，将他拖入地底。
主角跟自己小队失散，等回过神来时候，他已经来到地底洞穴中，这里是虫族巢穴之。
而从这里开始，游戏则是进入第二阶段剧情。
主角使用防护服潜行能力小心翼翼地在虫族巢穴中寻找出口，游戏玩法也从FPS变成潜行为主、射击为辅，只有在小部分不被发现情况下才能开枪消灭敌人。
主角在虫族巢穴中要避开那些强大虫族，同时还要不断地找寻出口，在这期间内，他所有补给都来自于跟他差不多被拖入虫族巢穴人类战士。
这些人就不像罗舟这样好运，他们基本上都没能逃出虫族巢穴，虫族把他们尸体残骸啃食殆尽后，破烂防护服、护甲板、能源块等等，就全都堆积在巢穴中。
每隔段距离，罗舟都能找到些虫族垃圾堆，在里面可以找到些能废物利用补给品，以此维持自己防护服能源和子弹补给。
在第二阶段，玩家基本上是处于完全孤立无援状态。跟外界通讯被切断，也无法很好地确定如何离开虫族巢穴，物资极度匮乏，而且虫族数量完全超乎想象。
在这个阶段，游戏难度稍有提升，但并没有提升到很高程度。没有队友支援，主角必须自己解决所有麻烦，这可能会让玩家们回忆起队友好；即使拿到资源也无法换成物资，想要获得补给只能去翻垃圾堆，不管是子弹还是能源都必须特别节省；见到虫族也不能无脑开枪，而是要根据敌人特点决定是要暗杀、射杀还是避开。
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